O Laboratório de Arqueologia do CA2PT encontra-se sediado no Centro de Estudos Politécnicos de Mação, funcionando em estreita articulação com o Instituto Terra e Memória. A sua atividade está diretamente ligada aos cursos ministrados nessa área, bem como aos projetos de investigação e às iniciativas de valorização e patrimonialização do património arqueológico desenvolvidos em Mação.

As vertentes de investigação nas áreas das Arqueociências e da Paleontologia estão sediadas no Campus do Instituto Politécnico de Tomar, promovendo uma articulação contínua com os restantes laboratórios e unidades de investigação do IPT. Esta organização permite uma gestão integrada de recursos técnicos e científicos, favorecendo a interdisciplinaridade, a cooperação institucional e o desenvolvimento de projetos de investigação aplicada e fundamental.